การปกครองสมัยอยุธยาแบ่งออกเป็น3 ส่วน ตามลักษณะการปกครอง การปกครองสมัยตอนต้น ตอนกลาง และตอนปลาย
การปกครองสมัยตอนต้นมีพระเจ้าอู่ทองถึงพระบาทสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่2ปกครองเริ่มเมื่อพ.ศ.1893-1991 แบ่งการปกครองออกเป็น2 ส่วน คือ
การปกครองแบบการปกครองส่วนกลาง ได้แก่ กรมเวียง กรมวัง กรมคลัง กรมนา และ
การปกครองส่วนหัวเมือง แบ่งออกเป็น 4ระดับ เมืองลูกหลวง หัวเมืองชั้นใน หัวเมืองชั้นนอก เมืองประเทศราช
การปกครองสมัยอยุธยาตอนกลาง พ.ศ.1991-2231ได้มีการปฎิรูปการเมือง การปกครอง โดยมีสถาบันกษัตริย์เป้นหลักการปกครอง 2ช่วง
สมเด็จบรมไตรโลกนาถได้แบ่งการปกครองส่วนกลางออกเป็น 2ฝ่าย คือ ทหารและพลเรือน ทหารมีสมุหกลาโหม พลเรือนมีสมุหนายก
ช่วงที่2 มีพระเพทราชา ถ่วงดุลอำนาจทหารโกยให้สมุหกลาโหม และสมุหนายก ดูแลทั้งทหารและพลเรือน
การปกครองสมัยอยุธยาตอนปลาย มีสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ ทรงปรับเปลี่ยนอำนาจทางทหารเพื่อถ่วงดุลมากขึ้น